Бірде Мюнхендегі гимнастикалық қоғамының 11 мүшесі футболға көп көңіл бөлінбегеніне наразы болып, «Гизела» ресторанына жиналып отырғанда футбол клубын құруға шешім қабылдайды. Осылайша 1900 жылдың 27-ші ақпанында «Бавария» клубы пайда болады.
Клубтың қарқынды дамуы 1907 жылы Мюнехенге көшіп барғанда басталады. Жергілікті «Ваккер» командасы бавариялық ұжымға 8:1 есебімен ұтылады. Ал, алғашқы жетістікке 1910 жылы қол жеткізеді. Олар Шығыс аймақтың чемпионы атанады.
Келесі жылы «Бавария» бұл атағын сақтап қалады. Ол кезде команда құрамында Ұлттық құраманың мүшесі Макс Габлонски ойнап жүрген. 1920 жылы «Бавария» сапында 700-ге жуық мүше болады. Осылайша олар Мюнхеннің ең үлкен футбол клубы атанады.
1926 жылы команда Оңтүстік Германия чемпионатында жеңіске жетеді. Ал, 1932 жылы клуб франкфурттық «Айнтрахт» командасын 2:0 есебімен ұтып, чемпионатта жеңімпаз атанады. Осының арқасында «Бавария» бүкіл Германияға танылады. Алайда ІІ Дүниежүзілік соғыс басталып, Германияда спорт тоқтайды.
1964 жылы «Баварияға» шабуылшы жартылай қорғаушы Франц Беккенбауэр келеді. Оның керемет ойынының арқасында команда тек Германияда ғана емес, барлық әлемге атағы шығады. Ал, 1994 жылы Ф.Беккенбауэр клубтың президенті болады.
Қазіргі таңда «Бавария» германиялық футболдағы ең үздік команда. Олар 25 рет ел чемпионы атанып, 17 рет Германия Кубогын иеленген. Сонымен қатар, олар Еуропа чемпиондарының Кубогын 3 рет жеңіп алған.