10 шілдеден бастап Шөпшекбаев Айдын Болатұлы «Қазақстан» РТРК» АҚ аппарат басшысы лауазымына тағайындалды.
Айдын Болатұлы Шөпшекбаев еңбек жолын 1994 жылы ҚР Қаржы министрлігінің Сыртқы экономикалық қызмет басқармасының экономисі болып бастап, жетекші экономисі, бас экономисі қызметтерін атқарған.
1996-2008 жылдары ҚР Үкiметi Аппаратында, ҚР Премьер-Министрінің Кеңсесінде референт, консультант, кеңесші, бас инспектор, 2008-2009 жылдары ҚР Президентінің Әкімшілігінде мемлекеттік бақылау және өңірлік-ұйымдастыру жұмысы бөлімінің бас инспекторы лауазымдарында жұмыс істеді.
2009-2011 ж.ж. ҚР Мемлекеттік қызмет істері агенттігінің Шығыс Қазақстан облысы бойынша басқармасының бастығы - Дисциплинарлық кеңес жетекшісі лауазымында қызмет атқарды.
2011-2017ж.ж. ҚР Индустрия және жаңа технологиялар министрлігінің әкімшілік-кадр жұмысы департаментінің директоры, сондай-ақ Геология және жер қойнауын пайдалану комитеті төрағасының орынбасары, «Өнеркәсіп қауіпсіздігінің ұлттық ғылыми-техникалық орталығы» Акционерлік қоғамының бас директоры лауазымдарында жұмыс істеді.